Zgodnie z przepisami ustawy o samorządowych kolegiach odwoławczych - organami kolegium są:
1) zgromadzenie ogólne kolegium,
2) prezes kolegium.

W skład kolegium wchodzą: prezes, wiceprezes oraz pozostali członkowie. Członkostwo w kolegium ma charakter etatowy lub pozaetatowy.

Istotnym jest przy tym, iż członkostwa w kolegium nie można łączyć z:

1) mandatem posła lub senatora,
2) mandatem radnego lub członkostwem w organie wykonawczym jednostki samorządu terytorialnego,
3) zatrudnieniem w urzędzie gminy, starostwie lub urzędzie marszałkowskim,
4) członkostwem w kolegium regionalnej izby obrachunkowej
5) zatrudnieniem na stanowisku sędziego i prokuratora oraz zatrudnieniem w tym samym województwie w administracji państwowej (członkostwo etatowe).

Członkowie kolegium w zakresie wykonywania czynności określonych ustawą korzystają z ochrony prawnej przysługującej funkcjonariuszom publicznym.

Prezes kolegium kieruje pracami kolegium, a także dokonuje, w imieniu kolegium, czynności z zakresu prawa pracy wobec etatowych członków kolegium i pracowników biura kolegium.